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番茄病害主要有病毒病，疫病，灰霉病，叶霉玲，斑枯病，青枯病等。其中很多病害主要以气传为主，而且每种病害的特性都不太一样，孢子病菌会随着空气流动传播，然后会附着在番茄果实、叶片外表，从气孔侵入，这时病菌立刻对植物造成侵染。因此，在病害发生之前，我们就要利用孢子捕捉仪对番茄园进行全面监测，以科学化的手段准确判断病害发生情况，及早做好防控。
另外，虫害也是影响番茄产量和品质的重要因素，番茄主要虫害有斜纹夜蛾，菜青虫，红蜘蛛，蚜虫，温室白粉虱等，为了有效预防无土栽培番茄的病虫害发生，必须对种子和育苗移苗定植的营养钵、基质，进行严格的消毒灭菌，从源头切断病源。在阴天低温高湿情况下，可使用硫磺熏蒸器在大棚内熏蒸，防止病虫害发生和蔓延。
最后，做好番茄的水肥管理也相当重要。番茄无土栽培时浇水，浇水宜根据植株的形态，外界气候等情况进行，一般定植后五天浇一水，保持根系基质湿润，不可使植株过旺徒长。坐果后勤浇水，一般晴天上午下午各浇一次，浇水时间持续15-20分钟，阴天可视具体情况少浇或不浇，追肥一般在定植后20天开始，此后每隔十天追一次肥，每次每株追专用肥10-15克，做过后七天追一次肥，每次每株25克。
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